La diversidad de las alteraciones fisicas de los ecosistemas marinos crea un problema especial para los gobiernos que buscan proteger los ecosistemas marinos y sustentar el uso de ellos. Es necesario que se establezcan reglamentos para los diferentes tipos de actividades perjudiciales, pero también es necesario una dirección y administración globales. Es importante mantener el volumen y ritmo de los cursos de agua dulce que desembocan en estuarios y mares. No se deberá admitir mas alteraciones fisicas a los ecosistemas de los lechos de algas, plantas acuáticas, mangles, arrecifes de coral y los lechos de mariscos y crustáceos. Esos ecosistemas son especialmente vulnerables a cualquier cosa que aumente la turbulencia y necesitan protección de detritos ocasionados por el desgaste de la tierra. Pero también los lechos marinos arenosos o lodosos, que de encima parecen inertes, contienen en su sustancia muchas estructuras biológicamente diversas. Obviamente estos son los ecosistemas probablemente mas sujetos a drenaje, creación de terraplenes y los perjuicios la pesca con redes de arrastre. Dada la baja capacidad de recuperacion de los ecosistemas marinos mas profundos, los tratados internacionales y los gobiernos deberían ser especialmente cuidadosos en cuanto a las sanciones a la minería en aguas profundas.